SMP Kemurnian mengembangkan Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (Kurikulum 2013) yang disusun dengan mengacu pada Standar Isi dan Standar Kompetensi Lulusan yang menitikberatkan pada penguatan aspek sikap, aspek pengetahuan, dan aspek keterampilan peserta didik sehingga ketiga aspek tersebut dapat terintegrasi dalam pelaksanaannya. Dalam kurikulum ini, pengembangan kompetensi peserta didik disesuaikan dengan potensi, perkembangan, kebutuhan, lingkungan yang berkarakter dan berbudi pekerti luhur agar sesuai dengan visi, misi, dan tujuan SMP Kemurnian.
Kurikulum ini disusun untuk mewujudkan visi sekolah dengan mengakomodasi potensi yang ada untuk meningkatkan kualitas sekolah, baik dalam aspek akademis maupun non akademis. Dalam penerapannya, peserta didik diharapkan mempunyai keterampilan abad ke 21 yang diistilahkan dengan 4C yaitu Communication, Collaboration, Critical Thinking and Problem Solving dan Creativity and Innovation) yang diwujudkan melalui integrasi PPK (Penguatan Pendidikan Karakter) serta dilaksanakannya Gerakan Literasi Sekolah (GLS) berupa keterampilan membaca dan menulis serta kegiatan lain yang mencakup keterampilan berpikir menggunakan berbagai macam sumber.
Pembelajaran di SMP Kemurnian II menerapkan Higher Order of Thinking Skill (HOTS) guna melatih kemampuan berpikir kritis, logis, reflektif dan metakognitif, yang merupakan kemampuan berpikir tingkat tinggi sehingga diharapkan peserta didik dapat bersaing dalam era global pada masanya kelak.